Weryfikacja zgłoszenia powinna polegać na zbadaniu okoliczności faktycznych objętych tym zgłoszeniem, przy użyciu odpowiednich metod i narzędzi. Elementem postępowania wyjaśniającego może być dokonanie tzw. wstępnej weryfikacji zgłoszenia, czyli ustalenie czy zgłoszenie sygnalisty w ogóle podlega przepisom ustawy. Do uprawnień podmiotu badającego zgłoszenia należeć będzie m.in. prowadzenie postępowania dowodowego, w tym zebrania i oceny dowodów, wentualnego przesłuchiwania świadków, dostęp do dokumentów, dokonanie oględzin itp. Elementem postępowania dowodowego może być także poproszenie sygnalisty o przesłanie informacji uzupełniających.
Postępowanie wyjaśniającego powinno być prowadzone z zachowaniem należytej staranności, dążąc do wyjaśnienia okoliczności, o których mowa w zgłoszeniu oraz do ustalenia ewentualnych osób odpowiedzialnych. Zebrane materiały powinny zostać następnie poddane analizie i ocenie celem podjęcia działań następczych, np. wydania rekomendacji, zawiadomienia o popełnieniu czyny zabronionego, podjęcia działań w celu odzyskania środków finansowych lub zamknięcia postępowania.
Dokonanie sumiennej weryfikacji zgłoszenia jest obowiązkiem pracodawcy, a ponadto – będzie służyć realizacji jego interesów, np. poprzez zminimalizowanie ewentualnych strat spowodowanych wykrytymi naruszeniami prawa.